Development and Evaluation of Real-Time RT-PCR Test for Quantitative and Qualitative Recognition of Current H9N2 Subtype Avian Influenza Viruses in Iran

Document Type: Original Articles

Authors

1 Department of Avian Bacterial Diseases, Research and Diagnosis, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran

2 Department of Avian Viral Diseases, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran

Abstract

Avian influenza H9N2 subtype viruses have had a great impact on Iranian industrial poultry production economy since introduction in the country. To approach Rapid and precise identification of this viruses as control measures in poultry industry, a real time probe base assay was developed to directly detect a specific influenza virus of H9N2 subtype -instead of general detection of Influenza A viruses- which has been endemic over two last decades in the country. An Iranian avian influenza virus strain of A/Iran/chicken/772/1998 H9N2 subtype were selected as reference strain for of primers and probe designing. The high agreement value of 99% indicated that the devolved real time assay for detection of H9 subtype viruses could easily replace the conventional method of virus isolation particularly in investigation of viruses like national surveillance plan. The limit of detection was almost one EID50 which was the least real infectious unit could be detected. So it can be said that this sensitive assay provided a powerful tool to not to miss any significant viral biological activity neither in the host body nor in the environment. A high level of correlation coefficient (R2 = 0.998) also indicated a good correlation between Ct values and viral concentrations. , it can be conclude that the real time RT-PCR could be easily replace virus isolation in detection of H9N2 influenza viruses especially in large monitoring program. The ability in quantifying of the virus concentration extends usage of test in more accurate studies.

Keywords

Main Subjects


Article Title [French]

Développement et Évaluation du Test RT-PCR en Temps Réel pour la Reconnaissance Quantitative et Qualitative des Virus Actuels de l'Influenza Aviaire du Sous-type H9N2 en Iran

Abstract [French]

Les virus appartenant au sous-type H9N2 de l’influenza aviaire ont eu un impact considérable sur l’économie et production de l’industrie aviaireiranienn depuis leur introduction dans le pays. L'identification rapide et précise des virus, ainsi que des études épidémiologiques et de gestion appropriée accompagnées d'autres mesures de contrôle dans l'industrie aviaire constituent les outils les plus importants pour le contrôle et la prévention de la maladie. Pour y parvenir, un test basé sur une sonde en temps réel a été développé pour détecter directement un virus grippal spécifique du sous-type H9N2, endémique dans le pays au cours des deux dernières décennies. Pour prévenir les cas de contamination en laboratoire, la mise en place d’une procédure de PCR en une seule étape a été privilégiée. Une souche iranienne du virus de la grippe aviaire de type A / Iran / chicken / 772/1998 H9N2 a été sélectionnée comme souche de référence pour les amorces et la conception des sondes. La valeur d'accord élevée de 99% indique que le test en temps réel décentralisé pour la détection des virus du sous-type H9 pourrait facilement remplacer la méthode conventionnelle d'isolement du virus, en particulier dans les études portant sur les virus menées dans le cadre des programmes de surveillance nationaux. La limite de détection était presque d'une EID50, représentant l'unité infectieuse minimale pouvant réellement être détectée. Ces résultats montrent donc que ce test sensible fournit un outil puissant pour la détection de toute activité virale significative, aussi bbien dans l'organisme hôte que dans l'environnement. Le niveau élevé du coefficient de corrélation (R2 = 0,998) indique également une bonne corrélation entre les valeurs du cycle de seuil et les concentrations virales. On peut en conclure que la RT-PCR en temps réel pourrait facilement remplacer les techniques d'isolement du virus dans la détection des virus de la grippe H9N2, en particulier dans les grands programmes de surveillance. La capacité de quantifier la concentration du virus est augmentée et permet donc l'utilisation de ce test pour une surveillance plus précises.

Keywords [French]

  • PCR en Temps Réel
  • Détection
  • Grippe Aviaire
  • Comparaison
  • H9N2
  • Culture

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